التيار الحوثي داخل المؤتمر الشعبي العام بزعامة بعض القيادات السلالية والطائفية في الحزب، هو الذي ورط المؤتمر في حروب الحوثي.
ليس للحوثي حاضنة شعبية في تعز، لكن التيار الحوثي داخل المؤتمر هو الذي هيأ له هذه الحاضنة باسم المؤتمر، والشأن ذاته في مأرب والبيضاء وإب والمحويت وحجة وعمران، وغيرها من المحافظات.
جناية التيار الحوثي داخل المؤتمر مضاعفة، في توريطه لحزب المؤتمر الذي لم يكن يوماً من الأيام مؤدلجاً، إلى أن جعله الحوثي يخوض حرب جماعة سلالية مؤدلجة، تمكنت إلى حد ما من إخفاء لونها الطائفي الفاقع في كثير من الحالات، بفعل غطاء هذا التيار داخل المؤتمر.
ومع ذلك، ففي المؤتمر الشعبي العام تيار وطني لا يزال حتى هذه اللحظة يرفض انقلاب الحوثي، ويرفض تشكيل حكومة وحدة وطنية معه في صنعاء، ويرفض الاعتراف بما يسميه الحوثي "البيان الدستوري"، ويرفض سيطرة اللجنة الحوثية العليا على السلطة، بل إن هذا التيار رفض التوقيع على اتفاق "السلم والشراكة" المهين الذي وقعت عليه كل القوى السياسية تحت وطأة عصا عبدالملك الحوثي عشية سقوط صنعاء في يد الإنقلابيين، وعندما وقع المرحوم عبدالكريم الإرياني على الاتفاق باسم المؤتمر، تبرأ المؤتمر، وقال إن الدكتور الإرياني يمثل نفسه، ومهما كانت نية المؤتمر حينها من التبرؤ، فإنه - حينها - سجل موقفاً وطنياً إزاء اتفاق سوق له بن عمر لصالح الحوثيين.
وفوق ذلك فإن هذا التيار يقاوم – اليوم - الحوثيين في جبهات مختلفة مع بقية الفصائل المقاومة لهم على تراب اليمن.
التيار الوطني في المؤتمر يتعرض اليوم لأكبر هجمة لطرد عناصره من أجهزة الدولة، وإحلال عناصر حوثية ليس لديها خبرة ولا تجربة في الإدارة، ولكن المؤتمر لن ينتهي، وعناصر تياره الوطني وإن اقصيت، فإنها ستعود للمشهد. 
المؤتمر الشعبي حزب كبير، ولا يمكن حله أو إلغاؤه، وهو جزء من الحل، والتيار الحوثي هو تيار الفساد داخل الحزب الذي ظل يفسد الحياة السياسية والحزبية، وهو الذي زين للرئيس السابق ضرورة التحالف مع الحوثيين، الذين أسقطوا صنعاء، وذهبوا إلى شواطئ عدن بقوة السلاح...وبقية القصة معروفة.